Вторым супругом Великой богини в неолитическую эпоху был змей. Как показывает не только индоевропейская, но и мировая традиция, женские божества были очень тесно связаны со змеями. В греческой мифологии самая первая богиня, Земля-Гея рождает «ужасного змея-дракона» Тифона, чуть было не победившего Зевса, а впоследствии родила дракона Ладона, деву-змею Эхидну и дракона Пифона. Внучкой Геи была знаменитая Медуза Горгона, покрытая чешуей и со змеями вместо волос. Как показал А. Фротингем, Медуза Горгона представляла собой гротескный образ почитавшейся богини более ранней эпохи, чем знакомая нам древнегреческая мифология. Со змеями в волосах или в руке изображалась и ночная богиня Геката. Связь богинь с этим пресмыкающимся была настолько прочна, что присутствует даже у богинь олимпийского пантеона. В орфическом гимне (XXXII, 11) Афина Паллада просто называется змеей, в ее храме на афинском акрополе содержалась священная змея, а Софокл характеризовал эту богиню как «живущей со змеей». Змей как оружие использует супруга самого Зевса Гера, посылая их задушить новорожденного Геракла в колыбели. Использует их как средство наказания и Артемида: «Во время свадьбы Адмет принес жертвы всем богам, но забыл об Артемиде. Это и было причиной того, что, когда Адмет открыл двери свадебного покоя, он нашел его наполненным клубками свернувшихся змей». Подобная связь богинь со змеями не было одной лишь греческой спецификой, а фиксируется у очень многих народов. «Так, в Подури (Северо-Восточная Румыния) в сосуде приблизительно 4800—4600 гг. до н.э. была найдена 21 статуэтка, — по всей вероятности, приготовленные для того, чтобы быть поставленными на алтарь.